Al culmine della sua carriera professionale, fu arrestato nel 2011 perché una paziente lo aveva denunciato per violenza sessuale. Accuse gravi che mal si conciliavano con la storia professionale del professor Gianpaolo Pierri, psichiatra ed ordinario della facoltà di medicina di Bari.

Benché non provate, perché sostenute solo dalla sua paziente, le accuse costarono al prof. Pierri un mese di domiciliari e la sospensione dall’insegnamento. Oggi, quando, a 74 anni, è andato in pensione, la riabilitazione. Il tribunale di Bari lo ha assolto dalle accuse perché il fatto non costituisce reato. La paziente, una ragazza, lo aveva denunciato per palpeggiamenti. In realtà il difensore del professor Pierri, avvocato Sisto, ha dimostrato in aula che il medico le aveva solo praticato manovre di rilassamento.